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大肠菌群检测的关键在于方法的选用，食品中大肠菌群检测有两种表示方法。

1、是以100mL(g)检样内大肠菌群较大可能数(MPN)表示，检测方法需使用GB/T 4789.3-2003《食品卫生微生物学检验大肠菌群测定》；

2、以每g(mL)样品中大肠菌群的MPN值表示，检测方法需使用GB 4789.3-2016《食品安全***标准 食品微生物学检验 大肠菌群计数》。

3、现行食品标准中规定的大肠菌群指标以“CFU/克或CFU/毫升”为单位的，适用GB 4789.3-2016，故检测样品前需根据产品标准认真选择方法。

例如，GB/T2717-2003酱油卫生标准中对大肠菌群的要求需使用方法一GB/T 4789.3-2003。又如GB/T 2718-2014酱油卫生标准中对大肠菌群的要求需使用方法二GB4789.3-2016。

酶底物（英语：substrate）在生***学领域指参与生化反应的物质，可为化学元素、分子或化合物，经酶作用可形成产物，一个生化反应的底物往往同时也是另一个化学反应的产物。

酶底物法采用 ONPG 和 MUG 两种营养指示剂，这两种***分别可以被大肠菌群的 β-半乳糖苷酶和大肠***的 β-葡糖醛酸酶分解代谢。当大肠菌群在酶底物检测***中生长时，其使用 β-半乳糖苷酶分解代谢 ONPG，并使样品从无色变为***。大肠***使用 β-葡糖醛酸酶分解代谢 MUG 时，能够发出荧光。

在现在已知的大肠***检测方法中，酶底物法是目前水中大肠***检测的***方法。这也就直观的影响到了很多检测人员对于酶底物法检测水中大肠***的方法的掌握，因为如果使用传统的多管发酵法和滤膜法的话，整体的操作过程比较繁琐，并且是试验环境要求比较高。检测时间比较长，所以酶底物法是现在追捧的检测的水中大肠***的方法。

那其实从整个客观角度来说，相对于多管发酵和滤膜法，酶底物法检测步骤大大减少，而且对实验环境要求不高，检测时间可减少到24小时，在日常水样监测及应急监测中具有很好的应用前景，可及时检测，预防，较大限度的减少重大公共安全事故的发生几率。酶底物法有商品化***供应，实验操作简便，无需确认试验，可同时检测水样中大肠菌群和大肠埃希氏菌。